La sua storia risale al 1600, quando un mercante e banchiere fiammingo, Ferdinando Vandeneynden ,scelta Napoli come residenza personale e d’affari, aveva commissionato a Fra’ Bonaventura Presti, monaco certosino, la ristrutturazione di numerose dimore patrizie in città; villa Belvedere Carafa fu forse l’unica opera interamente realizzata dal frate di origine bolognese.

Il Palazzo realizzato su richiesta di Vandeneynden con il disegno e modello di Presti, sarebbe diventato da lì a poco Villa Carafa di Belvedere, quando Elisabetta, figlia del marchese Vandeneynden, scomparso nel 1674, sposa Carlo Carafa IV principe di Belvedere.

La famiglia Carafa trasformò la villa in una meravigliosa e grandiosa residenza: l’alta società napoletana amava trascorrere lì le sue giornate e non resisteva al suo fascinonemmeno la famiglia dei Borbone, alla quale venivano dedicate lussuose feste che richiamavano sempre enormi folle.

La villa restava aperta al pubblico nei mesi dei maggio e ottobre; e ogni giovedì e domenica era possibile assistere a concerti musicali, giostre e tornei.

All’interno della villa erano e sono tutt’ora custodite pregiate raccolte di pitture e sculture come gli affreschi del celebre pittore napoletano Luca Giordano.